ERP系统具有实时控制的思想，对各业务中的关键控制点的控制方法使企业从传统的发现问题、事后补救，发展成为现在的事前预防和事中控制。
严格的内控制度必然会改变会计机构和人员的分工，优化会计组织结构，有助于防止违法行为的发生，提高会计工作效率和质量，促进会计工作职能的转变，推动会计理论和会计技术的进步，提高会计工作水平，大幅度增加企业的经济效益，严格的内部控制制度是计算机环境下会计信息真实可靠的保证。
建立完善的采购业务内部控制制度，可以保证采购付款业务循环有效运行，确保采购事项的真实性、合理性、合法性，防止欺诈和舞弊行为，保证会计信息系统正常、有效运行。
ERP系统中加强采购业务内部控制的具体措施主要有以下几点：
（一）权限的控制
单位应当对采购与付款业务建立严格的授权批准制度，明确授权批准方式、权限、程序、责任和相关控制措施，规定经办人办理采购与付款业务的职责范围和工作要求。对各类不同的物资请购，企业应建立完善的责任授权体系。部门物资需求由部门资产主管人负责；特殊请购计划的制订必须由公司计划部、营销部等相关部门综合讨论决定，与战略相关的大宗支出还必须取得高层领导的同意。同时，为了保证权责对等，企业应建立适当的考核体系，真正做到谁拥有权利谁承担责任。例如，某公司账套主管是李明，采购部业务员王丽向公司上级主管提出请购键盘计划，请购数量为10只，业务员据此填制请购单。此时就必须需要账套主管李明登录系统，启动采购管理系统，执行“采购选项”、“业务及权限控制命令”，在“权限控制”下，选中“检查业务员权限和检查操作员权限”复选框。如果账套主管没有赋予业务员王丽操作权限，则在王丽录入请购单时会弹出“对不起，您没有录入该部门的权限”窗口。
（二）审批的控制
企业的各个部门都应该力求使采购申请业务制度化，即明确不同类型、不同级别的请购业务审批流程，保证所有的采购申请业务都经过规定的审批程序。对于采购申请、采购订单、外协加工订单等，必须经过某一个人的审核才能接着处理下一流程。对于不同的部门可能会指定不同的审核人。不正确的业务更正与删除，待解报单的处理等都必须严格按规定进行，严格执行复核制度，充分保证计算机账务处理不错不乱。无论是静态审核，还是动态审核，都要仔细核对输出的账务凭证与实际发生的经济业务是否一致。另外，制定相应的上机守则与操作规程，是操作控制制度化的具体体现。比如固定资产的审核归口到设备管理部门；计算机等IT设备的采购归口到IT主管部门；预算审核归口到财务主管部门；不同级别的人员又分别有不同金额的限制，超过之后必须由更高级别的人审核。
（三）业务执行控制
1．到货数量控制
控制到货的数量是否允许超过订单数量。对采购数量进行控制，采购部门首先应当对每一份请购单审查其请购数量是否在控制限额的范围内，其次是检查使用物品或获得劳务的部门主管是否在采购单上签字同意。对于大宗采购必须做各种采购数量对成本影响的分析。内部会计控制制度必须对这些成本分析做出强制性的规定，并指定专人对成本分析是否实施进行监督。将各种请购项目进行有效的分类，然后利用经济批量法测算出成本；对于请购数量不大或者零星请购的物品，采购批量的成本分析控制可参照资金预算来执行。采购量越多，价格相对越低，但并不是采购越多越好，资金周转率、仓库储存的成本等都会直接影响采购成本，应根据资金周转率、储存成本物料需求计划等综合计算出最经济的采购量。因此必须事先确定好采购量。使存货总成本最低的订购量被称为经济订购量。
2．到货成本控制
控制到货成本是否允许超过订单或合同成本。比如，设置了某一货物的采购入库成本不能超过订单的10％，系统就不允许录入成本超过订单10％的采购入库。从成本的角度来说，采购原材料或待售商品的价格和采购行为本身的成本构成了产品成本中相当大的一部分，因此，采购作业对企业盈利能力和财务流动性有着显著影响。采购作业和存货管理有着密切的关系，可以说，企业采购作业的成本在很大程度上取决于存货管理的质量。科学的、精确的存货管理会在保证正常生产的基础上，最大程度地降低采购作业的成本。
3.储存成本
当企业有存货时就会有保管费用的发生，这一费用包括占用在存货中的资金不能再投资的机会成本及场地租金、保险费等与储存有关的费用。因此，为了节约储存成本，企业应尽量减少库存量。对于这类成本，理想的状况是降低到零，这就是及时采购的主要思想。可以通过以下措施来解决这一问题：1）减少供应商数目，这样就减少了谈判的时间；2）调用供应商档案，选择信誉好的供应商，以降低检验和质量成本。
（四）付款控制
付款控制应该属于应付账款系统，但是实际引发的原因在采购系统。控制付款可以通过以下办法来进行控制：
（1）财务部门在办理付款业务时，应当对购货发票、供应商发票、结算凭证、订购单、验收单以及入库单等资料的真实性、完整性、一致性、合法性进行严格审核。对于未经核准的款项不能支付，对于上述资料不全的款项，应要求补齐资料后，才能支付。
（2）会计人员要及时核销已经完成了付款程序的采购业务，并对应付账款、预付账款等重要账户进行严格管理。
（3）更改供应商设置，控制对该供应商的应付账款。
（4）企业也可在系统内设置预警。公司设立请款控制，由财务人员对部门预算和付款要求核实后给予批准；出纳依据ERP中的供应商信息，银行转账付款或签发票据。这里供应商账号信息的维护是企业需要关注的重点。会计人员依据付款单制单，为了确保业务的准确，建立企业与银行间、企业与供应商间的对账机制也是很有必要的。
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